Місія езуіцкая ў Ваўкавыску была ўфундавана айцом Юрыям Ліноўскім, шматгадовым праўным пракуратарм літоўскай правінцыі ў Вільні, з дазвалення генерала ордэна айца Францішка Рэтца, у 1736 г. Забяспецыў місію сваімі ўласнымі маёнткам. Ужо ў наступным 1737 г. працавала там 2 місіянеры, пры гарадскім фарным касцёле: ён сам і айцец Станіслаў Карвацкі, з гродзенскага калегіума. Да ліквідацыі езуіцкага ордэна на тэрыторыі ВКЛ у 1773 г., звычайна ў Ваўкавыскай рэзыдэнцыі знаходзілася ад 2 да 5 манахаў. Вядомы прозвішчы некаторых з іх: у 1759-1760 гг Юзаф Станіслаўскі, Юзаф Стэфаньскі, Лукаш Строша, Міхаэль Рушкоўскі і Павел Піскоўскі (апошні памёр у Ваўкавыску 12 лютага 1767 г.); у 1769-1770 гг. Юзаф Вауфал, Андрэй Віхерт, Ян Студзені, Юзаф Смыкоўскі, Казімір Балікоўскі; у 1773 г. Адам Клакоцкі, Мрцін Ігнатовіч, Андрэй Скіндар і Казімір Балікоўскі.
Першапачаткова езуіты ў Ваўкавыску займаліся місіянерскай дзейнасцю: катэхізацыяй, адукацыяй сярод мясцовага насельніцтва, дамапамагалі свецкаму святарству. У 1753 г. рэктар Слонімскай езуіцкай рэзідэнцыі айцец Казімір Станкевіч распачынае будаўніцтва ўласна езуіцкага касцёла ў Ваўкавыску, праз два гады быў скончаны, а ў 1757 г. асвечаны віленскім біскупам Янам Зенковічам. Захавалася апісанне касцёла і кляшторных будынкаў з канца 18 ст. “Касцёл драўляны новы, з дзумя дужымі вежамі пры фасадзе касцёла, а трэцыя малая з купалам над алтаром, гонтамі пакрыты. Выходзячы з касцёла, ідучы да могілкаў, палевай руцэ стаіць званніца, дзвух павярховая новая. Вакол касцёла і званіцы паркан мураваны са слупамі, ад зямлі напалову мураваны, а паміж слупамі да верху драўляны; у тым паркане ад кляштара на могілкі ідучы калітка на завесах. Паркан каля кляштара стары з дрэва, у якім ідучы ад вуліцы паміж кляштарам і касцёлам калітка і брама драўляныя, гонтамі пакрытыя. Дзверы ў браме на завесах з унутранным замком, ствараюць уваходна на дзядзінец кляшторны. На тым дзядзінцу стаіць мураваны кляштар, гонтамі пакрыты, з аднаго канца мае ўваход на карыдор, з падвойнымі дзвярамі. ККаля гэтага новага кляштара стаіць будынак драўляны старога, у якім першы пакой з двумія каморамі. На тым жа дзядзінцу ззаду мураванага будынку размешчана кузня з пякарней пад адным дахам драніцамі пакрытыя. Далей стаіць шпіхлеж новы двух павярховы з ганкам. На другім дзядзінцу брама ад вул. Віленскай падвойная на бегунах з металічнай куніцай для закрывання дронгай. На тым та дзядзінцу студня з камянёў мураваная з помпай, дошкамі адгароджанаі гонтамі пакрытая; за гэтай помпай стаіць бровар добры гонтамі пакрыты, да якога сенті, уваходзячы з падворка падвойныя дзверы. За гэтым броварам валоўнік драніцамі пакрыты, за тым валоўнікам ў адзін шэраг стайня і вазоўня пад адным дахам, часткова гонатамі і саломай пакрытыя.” Дакуметы падаюць, што пры езуіцкай рэзыдэнцыі існавала школа. Маёнтак езуітаў складаўся з Мадзейкаў, Дунікоўкі і Крапіўніцы, а таксама гарадскіх пляцаў купленных і атрыманых у падарунак ад розных людзей: уніяцкага святара ў Росі Дамініка Асухоўскага (1740 г.), падкаморага Ваўкавыскага Міхала Хлусовіча (1746 г.); Антоні Ажэшка і Ян Марцішэўскі (1746 г.); падкаморы старадубаўскі Фларыян Стравіньскі (1747 г.); бурмістр Ваўкавыскі Аўгустын Семеновіч (1748 г.); войскія Ваўкавыскія Юзаф і Кацярына з Сененьскіх Качаноўскія (1750 г.); Антон Шышмановіч з племяннікамі Янам, Якубам і Дамінікам; браты Уладзіслаў і Ян Чарташэўскія (1753 г.); абывацелі Ваўкавыскія Адам і Матэўш Ружанскія (1756 г.); Юзаф і Агата з Цыдзікаў Лантоўскія-Чарташэўскія і Багуміла Чарташэўская (1759 г.); Ян і Моніка з Зеліньскіх Гараінавы (1760 г.); Міхал і Францішак Шушчэвічы (1764 г.). План г. Ваўкавыска з 1798 г. дазваляе лакалізаваць езуіцкі касцёл і кляштар ў раёне скрыжавання сучасных вуліц Савецкая, перамогі і Карла Маркса. На месцы касцёла размешчаны кінатэатр, а на месцы кляштара пошта.